Mit Hilfe von BioSolution, einem Anbieter von Integrationsdienstleistungen, hat der europäische Marktführer für Biotechnologieforschung die Open-Source-Datenintegrationslösung von Talend eingeführt. Damit kann Biogemma gleichzeitig Schwierigkeiten mit der Konformität, der Nachweisbarkeit, dem Patentschutz und der Qualitätskontrolle beseitigen und die Produktivität verbessern.
Talend, Marktführer für Open-Source-Datenintegration, gibt bekannt, dass Biogemma, das einzige europäische Forschungsunternehmen im Bereich Pflanzenbiotechnologie, das vom Agrarbereich hervorgebracht und finanziert wurde, eine Reihe von Anwendungen in ein einzelnes Systems für die Laborleitung konsolidiert hat. Damit lassen sich Proben leichter erfassen sowie Benutzer, Instrumente, Lagerbestände oder Vorräte und Bestände verwalten. BioSolution, ein Gold-Partner von Talend, hat Biogemma bei der Entwicklung und Integration des neuen Systems assistiert.
„Biogemma wollte alle Abläufe im Labor integrieren, die vorher von drei Anwendungen gesteuert wurden – Oracle- und Microsoft-Access-Datenbanken sowie Excel-Arbeitsblätter, die zur Überwachung von Aktivitäten genutzt wurden“, erläutert Guillaume Kerboul, Gründer und Präsident von BioSolution. „All diese Daten werden im Bereich der Forschung an Pflanzengenen benötigt – physiologische und phänotypische Analysen, Untersuchungen von Genfunktionen, Pflanzenselektion etc. Die Daten, die sowohl aus Studien von Biogemma als auch aus frei zugänglichen Quellen stammen, beschreiben an die 200.000 in den letzten zehn Jahren produzierte Pflanzen und schätzungsweise 10.000 Gene oder Sequenzen. Etwa 30 Eigenschaften beschreiben jedes Element (Name, Literaturquellen, DNA-Sequenzen, Informationen zu den Funktionen von Sequenzen usw.).“
Die Integration dieser Anwendungen erforderte die Wiederherstellung historischer Daten aus den vergangenen zehn Jahren. Aufgrund des exponentiellen Anstiegs dieser Informationen zeigten die vorher intern entwickelten Applikationen Einschränkungen sowohl in der Skalierbarkeit als auch bei der Leistung und Zuverlässigkeit. BioSolution empfahl Biogemma die Einführung von Talend Open Studio für die Organisation der Migration und Wiederherstellung der Daten sowie, um halbautomatische Datenprozesse zu schaffen. BioSolution nannte dafür eine Reihe von Gründen – einfacher Zugang und einfache Entwicklung (grafische Oberfläche), Kostenkontrolle, Entwicklungsgeschwindigkeit und die Kompatibilität zu Perl und Java, die bei Biogemma weit verbreitet sind.
Zusätzlich zur Wiederherstellung historischer Daten nutzte BioSolution Talend Open Studio, um Perl-Code zu generieren und damit Excel-Dateien ablaufen zu lassen, automatisch Daten zu erzeugen und es für statistische Auswertungen zu integrieren.
Produktivität, rasche Entwicklung, Qualität
Neben den bereits erwähnten Produktivitätszuwächsen betont BioSolution weitere Vorteile der Open-Source-Datenintegrationslösung von Talend. Zuerst ist da die beschleunigte Entwicklungszeit zu nennen, die es ermöglicht hat die Daten von den Alt-Anwendungen in weniger als sieben Wochen zu migrieren. „Mit manuellen Skripten hätten wir mindestens vier bis fünf Monate benötigt, um die selben Ergebnisse zu erzielen, aber mit weniger Qualitätsgarantien“, so Guillaume Kerboul. „Tatsächlich ist die höhere Qualität der Arbeit ein zweiter, großer Vorteil, den wir mit Talend erzielt haben. Heute wissen wir, dass die Daten verlässlich sind und haben das Fehlerrisiko komplett unter Kontrolle.“
Das Werkzeug ist jetzt bei Biogemma in der Produktion und erfüllt die zum Projektstart geäußerten Anforderungen vollständig – Nachweisbarkeit, Geschwindigkeit, einfache Datenextraktion und Analysefähigkeiten. „Das Projekt ist ein Erfolg und das war nicht unbedingt ausgemachte Sache – zu Beginn glaubten einige Anwender, die Wiederherstellung aller Daten sei unmöglich, doch! Und wir haben es hinbekommen. Ich glaube, einer der Schlüssel zu diesem Erfolg liegt in der Zeit, die wir aufgewendet haben, um mit Endanwendern Jobs zu verifizieren und zu testen. Auch hat Talend uns geholfen, semantische Schwierigkeiten zu lösen, indem wir Daten über Funktionen zur Deduplikation und Datenqualität homogenisiert haben. Weitere Datenintegrationsprojekte werden geprüft, denn . Da Biogemma betreibt mehr als 150 Applikationen und 70 Datenbanken und somit betreibt, ist die Zahl potenzieller Projekte erheblich. Mit Talend, das wissen wir, werden wir unsere Ziele erreichen.“
Über Biogemma
Heute ist Biogemma das einzige europäische Forschungsunternehmen im Bereich Pflanzenbiotechnologie, das vom Agrarbereich hervorgebracht und finanziert wurde. Zu den Anteilseigner des Unternehmens zählen Spezialisten für Pflanzenzucht und Vertreter großer französischer Pflanzensektoren: die Kooperativen Limagrain und Euralis sowie Unternehmen wie RAGT, Sofiprotéol und Unigrains mit seinem technischen Institut Arvalis. Biogemma verfügt über zwei Forschungszentren in Frankreich und mehr als 80 Forscher und Techniker, die auf Gentechnik, Zell- und molekulare Biologie, Bioinformatik, funktionale und strukturelle Genomik, Pflanzenphysiologie und –pathologie spezialisiert sind und gemeinsam ein Ziel verfolgen: Pflanzen verbessern, um die Agrarwirtschaft weiter zu entwickeln.
Über BioSolution
BioSolution, gegründet 2006 und im Herzen des Génopole®-Bioparks in Evry angesiedelt, bietet Biotech-Infrastrukturen, die Innovationen fördern wollen, Beratungs- und Integrationsdienstleistungen bei der Einführung von IT-Lösungen für Forschungsteams. Das Unternehmen nutzt sein breites Fachwissen im Bereich der Biotechnologie wie auch sein Netzwerk aus spezialisierten Partnern, die in der Lage sind, schnell auf spezifische Probleme zu reagieren. BioSolution verfügt auch über große Erfahrung bei der Überwachung biologischer Datenflüsse, von der Anschaffung oder Produktion im Labor bis zur Bearbeitung und Verbreitung. Weitere Informationen finden Sie unter www.biosolution.fr
Talend, Marktführer für Open-Source-Datenintegration, gibt bekannt, dass Biogemma, das einzige europäische Forschungsunternehmen im Bereich Pflanzenbiotechnologie, das vom Agrarbereich hervorgebracht und finanziert wurde, eine Reihe von Anwendungen in ein einzelnes Systems für die Laborleitung konsolidiert hat. Damit lassen sich Proben leichter erfassen sowie Benutzer, Instrumente, Lagerbestände oder Vorräte und Bestände verwalten. BioSolution, ein Gold-Partner von Talend, hat Biogemma bei der Entwicklung und Integration des neuen Systems assistiert.
„Biogemma wollte alle Abläufe im Labor integrieren, die vorher von drei Anwendungen gesteuert wurden – Oracle- und Microsoft-Access-Datenbanken sowie Excel-Arbeitsblätter, die zur Überwachung von Aktivitäten genutzt wurden“, erläutert Guillaume Kerboul, Gründer und Präsident von BioSolution. „All diese Daten werden im Bereich der Forschung an Pflanzengenen benötigt – physiologische und phänotypische Analysen, Untersuchungen von Genfunktionen, Pflanzenselektion etc. Die Daten, die sowohl aus Studien von Biogemma als auch aus frei zugänglichen Quellen stammen, beschreiben an die 200.000 in den letzten zehn Jahren produzierte Pflanzen und schätzungsweise 10.000 Gene oder Sequenzen. Etwa 30 Eigenschaften beschreiben jedes Element (Name, Literaturquellen, DNA-Sequenzen, Informationen zu den Funktionen von Sequenzen usw.).“
Die Integration dieser Anwendungen erforderte die Wiederherstellung historischer Daten aus den vergangenen zehn Jahren. Aufgrund des exponentiellen Anstiegs dieser Informationen zeigten die vorher intern entwickelten Applikationen Einschränkungen sowohl in der Skalierbarkeit als auch bei der Leistung und Zuverlässigkeit. BioSolution empfahl Biogemma die Einführung von Talend Open Studio für die Organisation der Migration und Wiederherstellung der Daten sowie, um halbautomatische Datenprozesse zu schaffen. BioSolution nannte dafür eine Reihe von Gründen – einfacher Zugang und einfache Entwicklung (grafische Oberfläche), Kostenkontrolle, Entwicklungsgeschwindigkeit und die Kompatibilität zu Perl und Java, die bei Biogemma weit verbreitet sind.
Zusätzlich zur Wiederherstellung historischer Daten nutzte BioSolution Talend Open Studio, um Perl-Code zu generieren und damit Excel-Dateien ablaufen zu lassen, automatisch Daten zu erzeugen und es für statistische Auswertungen zu integrieren.
Produktivität, rasche Entwicklung, Qualität
Neben den bereits erwähnten Produktivitätszuwächsen betont BioSolution weitere Vorteile der Open-Source-Datenintegrationslösung von Talend. Zuerst ist da die beschleunigte Entwicklungszeit zu nennen, die es ermöglicht hat die Daten von den Alt-Anwendungen in weniger als sieben Wochen zu migrieren. „Mit manuellen Skripten hätten wir mindestens vier bis fünf Monate benötigt, um die selben Ergebnisse zu erzielen, aber mit weniger Qualitätsgarantien“, so Guillaume Kerboul. „Tatsächlich ist die höhere Qualität der Arbeit ein zweiter, großer Vorteil, den wir mit Talend erzielt haben. Heute wissen wir, dass die Daten verlässlich sind und haben das Fehlerrisiko komplett unter Kontrolle.“
Das Werkzeug ist jetzt bei Biogemma in der Produktion und erfüllt die zum Projektstart geäußerten Anforderungen vollständig – Nachweisbarkeit, Geschwindigkeit, einfache Datenextraktion und Analysefähigkeiten. „Das Projekt ist ein Erfolg und das war nicht unbedingt ausgemachte Sache – zu Beginn glaubten einige Anwender, die Wiederherstellung aller Daten sei unmöglich, doch! Und wir haben es hinbekommen. Ich glaube, einer der Schlüssel zu diesem Erfolg liegt in der Zeit, die wir aufgewendet haben, um mit Endanwendern Jobs zu verifizieren und zu testen. Auch hat Talend uns geholfen, semantische Schwierigkeiten zu lösen, indem wir Daten über Funktionen zur Deduplikation und Datenqualität homogenisiert haben. Weitere Datenintegrationsprojekte werden geprüft, denn . Da Biogemma betreibt mehr als 150 Applikationen und 70 Datenbanken und somit betreibt, ist die Zahl potenzieller Projekte erheblich. Mit Talend, das wissen wir, werden wir unsere Ziele erreichen.“
Über Biogemma
Heute ist Biogemma das einzige europäische Forschungsunternehmen im Bereich Pflanzenbiotechnologie, das vom Agrarbereich hervorgebracht und finanziert wurde. Zu den Anteilseigner des Unternehmens zählen Spezialisten für Pflanzenzucht und Vertreter großer französischer Pflanzensektoren: die Kooperativen Limagrain und Euralis sowie Unternehmen wie RAGT, Sofiprotéol und Unigrains mit seinem technischen Institut Arvalis. Biogemma verfügt über zwei Forschungszentren in Frankreich und mehr als 80 Forscher und Techniker, die auf Gentechnik, Zell- und molekulare Biologie, Bioinformatik, funktionale und strukturelle Genomik, Pflanzenphysiologie und –pathologie spezialisiert sind und gemeinsam ein Ziel verfolgen: Pflanzen verbessern, um die Agrarwirtschaft weiter zu entwickeln.
Über BioSolution
BioSolution, gegründet 2006 und im Herzen des Génopole®-Bioparks in Evry angesiedelt, bietet Biotech-Infrastrukturen, die Innovationen fördern wollen, Beratungs- und Integrationsdienstleistungen bei der Einführung von IT-Lösungen für Forschungsteams. Das Unternehmen nutzt sein breites Fachwissen im Bereich der Biotechnologie wie auch sein Netzwerk aus spezialisierten Partnern, die in der Lage sind, schnell auf spezifische Probleme zu reagieren. BioSolution verfügt auch über große Erfahrung bei der Überwachung biologischer Datenflüsse, von der Anschaffung oder Produktion im Labor bis zur Bearbeitung und Verbreitung. Weitere Informationen finden Sie unter www.biosolution.fr
