Der tödliche E.-coli-Stamm O104, der in Europa zu dutzenden von Todesfällen und tausenden von Krankenhausaufenthalten geführt hat, wurde jetzt mit dem GS Junior Kompakt-Sequenziersystem von 454 Life Sciences sequenziert. Wissenschaftler der britischen Health Protection Agency (HPA) konnten damit die "bislang genaueste und detaillierteste genetische Analyse" dieses besonders gefährlichen Bakterienstamms durchführen.(1) Die Ergebnisse wurden auf der Website des amerikanischen National Centre for Biotechnology Information (NCBI) veröffentlicht.(2)
Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass der Stamm eine Kombination von Genen zweier anderer E.-coli-Typen mit eigenen Genen aufweist. In der zusammengesetzten Sequenz finden sich zwei extrachromosomale Elemente (Plasmide), die zu seiner Pathogenität beitragen könnten. Offenbar hat der EHEC Stamm im Laufe seiner Entwicklung zusätzliches genetisches Material "aufgesammelt".
"Sequenzdaten dieses gefährlichen E.-coli-Stammes lagen zwar aus Sequenzierungen mit kurzen Leseweiten schon seit mehr als einer Woche vor, aber die aus diesen kurzen Sequenzstücken zusammengesetzten Daten boten nur begrenzte Informationen über die Anordnung und Zusammensetzung der Gene", sagte Chinnappa Kodira, Leiter der Genomforschungsabteilung bei 454 Life Sciences. "Die jetzt vorliegende lange, durchgehend zusammengesetzte Sequenz ermöglicht eine deutlich bessere Charakterisierung der Genomstruktur, der horizontalen Gentransfers und der Pathogenitätsinseln, was für ein Verständnis des Ausbruchs neuer virulenter Bakterienstämme sehr wichtig ist."
Aus den Shotgun-Daten mit langen Leseweiten konnten die HPA-Wissenschaftler innerhalb von Stunden eine umfassende und detaillierte Genkarte dieses Erregers erstellen, die fast das gesamte Genom enthält. Die Sequenzdaten werden dabei helfen, die Quelle des Ausbruchs zu ermitteln und mehr über die Entstehung dieses Bakterienstamms herauszufinden.
"Durch die Kombination aus kurzen Gesamtbearbeitungszeiten und hochqualitativen Ergebnissen mit langen Leseweiten ist das GS Junior System die ideale Plattform für schnelle und umfassende Analysen kompletter Genome beim Ausbruch neuer Krankheitserreger.", sagte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir freuen uns, dass 454 Sequencing einen Beitrag zur Verbesserung der Gesundheitsversorgung liefert, indem es eine schnelle Reaktion auf potenzielle Epidemien ermöglicht." Weitere Informationen zu den 454 SequencingSystemen finden Sie im Internet auf www.454.com.
(1) Pressemitteilung der Health Protection Agency vom 13. Juni 2011: http://www.hpa.org.uk/...
(2) Die Sequenzdaten sind auf der NCBI-Website zugänglich: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Die GeneBank Project ID ist 67929 und die Accession Number lautet afpn00000000. Die Daten sind auch auf der HPA-Website zugänglich: www.hpa-bioinformatics.org.uk/....
Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass der Stamm eine Kombination von Genen zweier anderer E.-coli-Typen mit eigenen Genen aufweist. In der zusammengesetzten Sequenz finden sich zwei extrachromosomale Elemente (Plasmide), die zu seiner Pathogenität beitragen könnten. Offenbar hat der EHEC Stamm im Laufe seiner Entwicklung zusätzliches genetisches Material "aufgesammelt".
"Sequenzdaten dieses gefährlichen E.-coli-Stammes lagen zwar aus Sequenzierungen mit kurzen Leseweiten schon seit mehr als einer Woche vor, aber die aus diesen kurzen Sequenzstücken zusammengesetzten Daten boten nur begrenzte Informationen über die Anordnung und Zusammensetzung der Gene", sagte Chinnappa Kodira, Leiter der Genomforschungsabteilung bei 454 Life Sciences. "Die jetzt vorliegende lange, durchgehend zusammengesetzte Sequenz ermöglicht eine deutlich bessere Charakterisierung der Genomstruktur, der horizontalen Gentransfers und der Pathogenitätsinseln, was für ein Verständnis des Ausbruchs neuer virulenter Bakterienstämme sehr wichtig ist."
Aus den Shotgun-Daten mit langen Leseweiten konnten die HPA-Wissenschaftler innerhalb von Stunden eine umfassende und detaillierte Genkarte dieses Erregers erstellen, die fast das gesamte Genom enthält. Die Sequenzdaten werden dabei helfen, die Quelle des Ausbruchs zu ermitteln und mehr über die Entstehung dieses Bakterienstamms herauszufinden.
"Durch die Kombination aus kurzen Gesamtbearbeitungszeiten und hochqualitativen Ergebnissen mit langen Leseweiten ist das GS Junior System die ideale Plattform für schnelle und umfassende Analysen kompletter Genome beim Ausbruch neuer Krankheitserreger.", sagte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir freuen uns, dass 454 Sequencing einen Beitrag zur Verbesserung der Gesundheitsversorgung liefert, indem es eine schnelle Reaktion auf potenzielle Epidemien ermöglicht." Weitere Informationen zu den 454 SequencingSystemen finden Sie im Internet auf www.454.com.
(1) Pressemitteilung der Health Protection Agency vom 13. Juni 2011: http://www.hpa.org.uk/...
(2) Die Sequenzdaten sind auf der NCBI-Website zugänglich: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Die GeneBank Project ID ist 67929 und die Accession Number lautet afpn00000000. Die Daten sind auch auf der HPA-Website zugänglich: www.hpa-bioinformatics.org.uk/....
