Lag das Augenmerk der molekularen Medizin bis vor kurzem noch auf der Ebene der Gene, hat es sich jetzt auf die nächst höhere Ebene der Proteine ausgeweitet. Inzwischen ist die eingehende Charakterisierung von Struktur, Funktion und Wechselwirkung der Proteine eine zentrale Fragestellung in der molekularen Medizin. Treten im komplizierten Wechselspiel zwischen den rund 500.000 bis 1.000.000 Proteinen in der menschlichen Zelle Fehler auf, etwa Protein-bedingte Stoffwechselstörungen, äußern diese sich häufig in Form von Krankheiten. Da die zugrunde liegenden zellulären Prozesse aber bisher nicht ausreichend erforscht sind, weiß man nicht, an welcher Stelle ein möglicher Wirkstoff eingreifen und den Defekt beheben
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