454 Life Sciences, ein Tochterunternehmen von Roche Applied Science, hat die neue GS FLX Titanium Reagenzien und Software Serie auf den Markt gebracht. Die neuen Kits ermöglichen individuelle Leseweiten bei der Sequenzierung mit einer verbesserten Q20 Weite mit 400 Basenpaaren (99% Genauigkeit bei der vierhundertsten Base und noch genauer bei den vorangegangene Basen) und ermöglichen außerdem eine Verfünffachung des Durchsatzes auf 400 - 600 M Basenpaaren pro Lauf. GS FLX Titanium stärkt die Position des 454 Sequencings als neuen Gold-Standard im Bereich Sequenzierung und ersetzt effizient die traditionelle Sanger-Sequenzierung für die meisten Anwendungen.
Ein Beweis für die neuen Leistungsvorteile des Genome Sequencer FLX ist die Zunahme der Nutzung an den wichtigsten Genomzentren in Nordamerika. Das Baylor College of Medicine hat 10 Genome Sequencer FLX Geräte installiert, kurz darauf folgte die Universität von Washington in St. Louis und erhöhte ihren Bestand auf 8 Instrumente. Das Broad Institute des MIT und Harvard besitzt derzeit 10, das Joint Genome Institute hat 8.
Bereits vor einiger Zeit wurden die ersten Kits der GS FLX Titanium Serie zur Evaluierung an diese Institute geliefert. Die Rückmeldung hinsichtlich Reagenzien und Software war äußerst positiv und bestätigte die starke Leistung des neuen Systems. Eine Reihe der weltweit führenden Genomzentren verwenden die die GS FLX Titanium Reagenzien bereits in ihrer regulären Forschungsarbeit. "Wir durften als Erste die neuen Reagenzien der GS FLX Titanium Serie testen und können die von 454 Life Sciences versprochene Leistung nur bestätigen," sagt Dr. Richard Gibbs, Professor und Direktor des Human Genome Sequencing Center am Baylor College of Medicine. "Titanium ersetzt bei uns sehr effizient die Sanger-Sequenzierung, und wir implementieren gerade den Einsatz auf allen unseren Genome Sequencer FLX Systemen."
Dr. Chad Nusbaum, Co-Direktor des Genome Biology Programms am Broad Institute des MIT und Harvard, erklärt: "Wir sind sehr enthusiastisch hinsichtlich des Potentials der neuen GS FLX Titanium Serie, vor allem im Hinblick auf Kostensenkung und Qualitätssteigerung. Dieses System wird es uns ermöglichen, unsere Forschung auszuweiten. Wir können jetzt Projekte starten, die bisher einfach zu teuer für eine praktische Umsetzung waren. Momentan entwickeln wir Methoden, die gesamten Vorteile der neuen Leseweiten von 400 Basenpaaren bei der Sequenzierung auszunutzen, speziell in der de novo Assemblierung großer Genome."
"Unsere Erfahrung bei der Assemblierung von Drosophila mit den langen Leseweiten der GS FLX Titanium Serie war sehr positiv. Wir erzielten N50 Contig-Größen von 30 - 50 Kilobasen mit einer 12-fachen Coverage und eine N50 Scaffoldgröße im Überschuss bei Zugabe der 3K und 20K Paired-end Rreads von 454 Life Sciences," so Dr. Stephen Richards, Assistant Professor am Human Genome Sequencing Center des Baylor College of Medicine. "Der Vergleich mit dem Referenzgenom D. melanogaster hat gezeigt, dass die Assemblierung mit den Leseweiten der GS FLX Titanium Serie mindestens genauso gut wie die 8X Leseweiten von Sanger ist, wobei die Technik von 454 Life Sciences wesentlich schneller und ein Zehntel kostengünstiger ist."
Dr. Rob Nicol, Direktor von Sequencing Operations am Broad Institute ergänzt: "Zusätzlich zu den längeren Leseweiten von 400 Basenpaaren und einer höheren Lesedichte ermöglichen die Verbesserungen der neuen GS FLX Titanium Serie die Entwicklung von effizienten Workflows mit sehr hohem Durchsatz für die Sequenzierungen wie sie z.B. für komplette mikrobiellen Genome beim Human Microbiome Projekt benötigt werden. Wir können nun unsere Workflows effizienter gestalten und reduzieren die Zeit bis zum Ergebnis drastisch."
In der Vorbereitung der Markteinführung wurde das Testprogramm für die GS FLX Titanium Reagenzien auf weitere Kunden ausgeweitet. "Unsere ersten Validierungsergebnisse waren sehr vielversprechend. Wir werden die neuen Reagenzien in unserer Routinearbeit einsetzen sobald sie erhältlich sind," so Dr. Yu-Hui Rogers, Vice-President der Abteilung Core Technology DEvelopment & Services am J. Craig Venter Institute (JCVI). "In Verbindung mit der Möglichkeit, paired-end Leseweiten von Libraries mit verschiedenen insert sizes zu erhalten, werden die Reagenzien den Nutzen der Systeme von 454 Life Sciences am JCVI für viele wichtige Anwendungen enorm vergrössern, unter andrem auch für die humane Resequenzierung und die Sequenzierung in der Metagenomik."
"Wir freuen uns, die Reagenzien der GS FLX Titanium Serie einem schnell wachsenden Kundenstamm anbieten zu können," so Chris McLeod, Präsident und CEO von 454 Life Sciences. "Das Genome Sequencer FLX System entwickelt sich rasch zum Gold-Standard in Sachen DNA Sequenzierung und bietet eine Reihe von Leistungs-, Genauigkeits- und Kostenvorteilen gegenüber der traditionellen Sanger-Sequenzierung und den zahlreichen sogenannten Microread-Technologien."
Die verbesserte technische Leistung wurde durch Optimierung der Reagenzien und der Software erzielt, wobei keinerlei Austausch der Hardware erforderlich ist. Gegenwärtige Nutzer des Genome Sequencer FLX Systems können sofort und ohne teuren Instrumenten-Upgrade von den Verbesserungen profitieren. "Wir sind stolz darauf, Wissenschaftlern diese deutliche Leistungsverbesserung anbieten zu können. Das Joint Genome Institute konnte z.B. über 650 Millionen Basen mit einem einzigen Sequenzierlauf kreieren," erklärt Michael Egholm, Vice President von Research & Development bei 454 Life Sciences. "Unsere Plattform ermöglicht es Wissenschaftlern, schnell relevante Daten zu erhalten, wie die eindrucksvolle Anzahl an Publikationen in angesehenen Fachjournalen zeigt. Die außergewöhnliche Leistungsverbesserung der neuen GS FLX Titanium Serie wurde bereits vom Markt bestätigt; dort tauschen gerade viele Anwender ihre Systeme zur Kapillarsequenzierung durch die Systeme von 454 Life Sciences aus."
454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative 454-Sequenzierungssystem für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungsfelder der Technik sind zum Beispiel die De-novo-Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Bereiche. Das 454-Sequenziersystem zeichnet sich durch eine einfache, unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten, auch bei Paired-Read-Sequenzierung, aus. Mit Hilfe der 454-Sequenziertechnologie sind viele in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichte Studien durchgeführt worden, in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen. Weitere Informationen finden Sie auf http://www.genome-sequencing.com.
Ein Beweis für die neuen Leistungsvorteile des Genome Sequencer FLX ist die Zunahme der Nutzung an den wichtigsten Genomzentren in Nordamerika. Das Baylor College of Medicine hat 10 Genome Sequencer FLX Geräte installiert, kurz darauf folgte die Universität von Washington in St. Louis und erhöhte ihren Bestand auf 8 Instrumente. Das Broad Institute des MIT und Harvard besitzt derzeit 10, das Joint Genome Institute hat 8.
Bereits vor einiger Zeit wurden die ersten Kits der GS FLX Titanium Serie zur Evaluierung an diese Institute geliefert. Die Rückmeldung hinsichtlich Reagenzien und Software war äußerst positiv und bestätigte die starke Leistung des neuen Systems. Eine Reihe der weltweit führenden Genomzentren verwenden die die GS FLX Titanium Reagenzien bereits in ihrer regulären Forschungsarbeit. "Wir durften als Erste die neuen Reagenzien der GS FLX Titanium Serie testen und können die von 454 Life Sciences versprochene Leistung nur bestätigen," sagt Dr. Richard Gibbs, Professor und Direktor des Human Genome Sequencing Center am Baylor College of Medicine. "Titanium ersetzt bei uns sehr effizient die Sanger-Sequenzierung, und wir implementieren gerade den Einsatz auf allen unseren Genome Sequencer FLX Systemen."
Dr. Chad Nusbaum, Co-Direktor des Genome Biology Programms am Broad Institute des MIT und Harvard, erklärt: "Wir sind sehr enthusiastisch hinsichtlich des Potentials der neuen GS FLX Titanium Serie, vor allem im Hinblick auf Kostensenkung und Qualitätssteigerung. Dieses System wird es uns ermöglichen, unsere Forschung auszuweiten. Wir können jetzt Projekte starten, die bisher einfach zu teuer für eine praktische Umsetzung waren. Momentan entwickeln wir Methoden, die gesamten Vorteile der neuen Leseweiten von 400 Basenpaaren bei der Sequenzierung auszunutzen, speziell in der de novo Assemblierung großer Genome."
"Unsere Erfahrung bei der Assemblierung von Drosophila mit den langen Leseweiten der GS FLX Titanium Serie war sehr positiv. Wir erzielten N50 Contig-Größen von 30 - 50 Kilobasen mit einer 12-fachen Coverage und eine N50 Scaffoldgröße im Überschuss bei Zugabe der 3K und 20K Paired-end Rreads von 454 Life Sciences," so Dr. Stephen Richards, Assistant Professor am Human Genome Sequencing Center des Baylor College of Medicine. "Der Vergleich mit dem Referenzgenom D. melanogaster hat gezeigt, dass die Assemblierung mit den Leseweiten der GS FLX Titanium Serie mindestens genauso gut wie die 8X Leseweiten von Sanger ist, wobei die Technik von 454 Life Sciences wesentlich schneller und ein Zehntel kostengünstiger ist."
Dr. Rob Nicol, Direktor von Sequencing Operations am Broad Institute ergänzt: "Zusätzlich zu den längeren Leseweiten von 400 Basenpaaren und einer höheren Lesedichte ermöglichen die Verbesserungen der neuen GS FLX Titanium Serie die Entwicklung von effizienten Workflows mit sehr hohem Durchsatz für die Sequenzierungen wie sie z.B. für komplette mikrobiellen Genome beim Human Microbiome Projekt benötigt werden. Wir können nun unsere Workflows effizienter gestalten und reduzieren die Zeit bis zum Ergebnis drastisch."
In der Vorbereitung der Markteinführung wurde das Testprogramm für die GS FLX Titanium Reagenzien auf weitere Kunden ausgeweitet. "Unsere ersten Validierungsergebnisse waren sehr vielversprechend. Wir werden die neuen Reagenzien in unserer Routinearbeit einsetzen sobald sie erhältlich sind," so Dr. Yu-Hui Rogers, Vice-President der Abteilung Core Technology DEvelopment & Services am J. Craig Venter Institute (JCVI). "In Verbindung mit der Möglichkeit, paired-end Leseweiten von Libraries mit verschiedenen insert sizes zu erhalten, werden die Reagenzien den Nutzen der Systeme von 454 Life Sciences am JCVI für viele wichtige Anwendungen enorm vergrössern, unter andrem auch für die humane Resequenzierung und die Sequenzierung in der Metagenomik."
"Wir freuen uns, die Reagenzien der GS FLX Titanium Serie einem schnell wachsenden Kundenstamm anbieten zu können," so Chris McLeod, Präsident und CEO von 454 Life Sciences. "Das Genome Sequencer FLX System entwickelt sich rasch zum Gold-Standard in Sachen DNA Sequenzierung und bietet eine Reihe von Leistungs-, Genauigkeits- und Kostenvorteilen gegenüber der traditionellen Sanger-Sequenzierung und den zahlreichen sogenannten Microread-Technologien."
Die verbesserte technische Leistung wurde durch Optimierung der Reagenzien und der Software erzielt, wobei keinerlei Austausch der Hardware erforderlich ist. Gegenwärtige Nutzer des Genome Sequencer FLX Systems können sofort und ohne teuren Instrumenten-Upgrade von den Verbesserungen profitieren. "Wir sind stolz darauf, Wissenschaftlern diese deutliche Leistungsverbesserung anbieten zu können. Das Joint Genome Institute konnte z.B. über 650 Millionen Basen mit einem einzigen Sequenzierlauf kreieren," erklärt Michael Egholm, Vice President von Research & Development bei 454 Life Sciences. "Unsere Plattform ermöglicht es Wissenschaftlern, schnell relevante Daten zu erhalten, wie die eindrucksvolle Anzahl an Publikationen in angesehenen Fachjournalen zeigt. Die außergewöhnliche Leistungsverbesserung der neuen GS FLX Titanium Serie wurde bereits vom Markt bestätigt; dort tauschen gerade viele Anwender ihre Systeme zur Kapillarsequenzierung durch die Systeme von 454 Life Sciences aus."
454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science, entwickelt und vermarktet das innovative 454-Sequenzierungssystem für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungsfelder der Technik sind zum Beispiel die De-novo-Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Bereiche. Das 454-Sequenziersystem zeichnet sich durch eine einfache, unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten, auch bei Paired-Read-Sequenzierung, aus. Mit Hilfe der 454-Sequenziertechnologie sind viele in Peer-Review-Zeitschriften veröffentlichte Studien durchgeführt worden, in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebsforschung, Infektiologie, Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen. Weitere Informationen finden Sie auf http://www.genome-sequencing.com.
