Mit metagenomischen Analysen auf dem Genome Sequencer Systems von 454 Life Sciences gelang es Wissenschaftlern der San Diego State Universität den Einfluss viraler Pathogene auf die verminderte Gesundheit von Korallen zu untersuchen. Dabei wurden Proben der Korallenart Porites compressa unter unterschiedlichen Umweltstressfaktoren sequenziert. Ziel der von Dr. Forest Rohwer geleiteten Studie ist es, die Auswirkungen aktueller ökologischer Veränderungen in tropischen Riffen - pH Wert, erhöhter Nährstoffgehalt und Temperaturanstiege - auf die viralen Populationen innerhalb des Korallenriffs zu untersuchen. Die Studien zeigen einen stark erhöhten Gehalt an Herpes-ähnlichen Viren bei stark geschädigten Porites compressa Korallen. Bei gesunden Exemplaren konnten die viralen Sequenzen kaum nachgewiesen werden.
Obwohl Korallen der Hauptbestandteil tropischer Riffe sind, ist nur wenig über ihr Zusammenspiel mit der mikrobiologischen Flora bekannt. Studien über Korallenkrankheiten beschränkten sich meist auf Untersuchungen von Bakterien und Pilzen, die einfach kultiviert werden können. Die große Coverage und die einfache Handhabung machen das Sequenziersystem von 454 Life Sciences ideal für exakte metagenomische Studien sehr unterschiedlicher Proben. In der Studie konnten über 15.000 virale Sequenzen identifiziert werden, wobei die Herpes-Viren am häufigsten gefunden wurden. "Durch die große Anzahl an Sequenzen konnten wir zeigen, dass die Ähnlichkeiten eine breite Coverage über alle a-Herpesvirengenome haben und dass dies nicht auf Fehler in der Datenbank zurückzuführen ist," so die Leiterin der Studie Rebecca Vega Thurber, Assistant Professor für Biologie an der Florida International University und früher Mitglied des Forest Rowher's lab in San Diego. "Mittels der identifizierten Sequenzen konnten wir alternative Testmethoden anwenden und dadurch die Hypothese bestätigen, dass Stress die Produktion dieser Herpes-ähnlichen Viren verursacht."
Offenbar resultieren Umweltstressfaktoren also nicht nur in einem Rückgang von Korallensymbionten sowie in bakteriellen Erkrankungen und Pilzerkrankungen, sondern auch in einer erhöhten Produktion von Herpes-ähnlichen Viren. Alle Faktoren zusammen könnten das verheerende Korallensterben angesichts steigender Wassertemperaturen und zunehmender Umweltverschmutzung erklären. Weitere Studien sind notwendig, um die Auswirkungen der Viren auf die Physiologie der Korallen zu verstehen.
454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche, entwickelt und vermarktet das innovative Genome Sequencer System für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA Sequenzierung. Spezielle Anwendungsfelder der Technik sind z.B. die de novo Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse, und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Regionen. Das 454 Genome Sequencer System zeichnet sich durch eine einfache Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten aus. Dadurch können umfangreiche wissenschaftliche Projekte im finanzierbaren Rahmen durchgeführt werden. In den letzten Monaten zeigte sich die enorm breite Einsetzbarkeit der Technik in so unterschiedlichen Bereichen wie der Krebsforschung, der Erforschung infektiöser Krankheiten, der Wirkstoffentwicklung, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie, etc.
Obwohl Korallen der Hauptbestandteil tropischer Riffe sind, ist nur wenig über ihr Zusammenspiel mit der mikrobiologischen Flora bekannt. Studien über Korallenkrankheiten beschränkten sich meist auf Untersuchungen von Bakterien und Pilzen, die einfach kultiviert werden können. Die große Coverage und die einfache Handhabung machen das Sequenziersystem von 454 Life Sciences ideal für exakte metagenomische Studien sehr unterschiedlicher Proben. In der Studie konnten über 15.000 virale Sequenzen identifiziert werden, wobei die Herpes-Viren am häufigsten gefunden wurden. "Durch die große Anzahl an Sequenzen konnten wir zeigen, dass die Ähnlichkeiten eine breite Coverage über alle a-Herpesvirengenome haben und dass dies nicht auf Fehler in der Datenbank zurückzuführen ist," so die Leiterin der Studie Rebecca Vega Thurber, Assistant Professor für Biologie an der Florida International University und früher Mitglied des Forest Rowher's lab in San Diego. "Mittels der identifizierten Sequenzen konnten wir alternative Testmethoden anwenden und dadurch die Hypothese bestätigen, dass Stress die Produktion dieser Herpes-ähnlichen Viren verursacht."
Offenbar resultieren Umweltstressfaktoren also nicht nur in einem Rückgang von Korallensymbionten sowie in bakteriellen Erkrankungen und Pilzerkrankungen, sondern auch in einer erhöhten Produktion von Herpes-ähnlichen Viren. Alle Faktoren zusammen könnten das verheerende Korallensterben angesichts steigender Wassertemperaturen und zunehmender Umweltverschmutzung erklären. Weitere Studien sind notwendig, um die Auswirkungen der Viren auf die Physiologie der Korallen zu verstehen.
454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche, entwickelt und vermarktet das innovative Genome Sequencer System für die ultraschnelle Hochdurchsatz-DNA Sequenzierung. Spezielle Anwendungsfelder der Technik sind z.B. die de novo Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik, RNA-Analyse, und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Regionen. Das 454 Genome Sequencer System zeichnet sich durch eine einfache Probenvorbereitung und lange, präzise Leseweiten aus. Dadurch können umfangreiche wissenschaftliche Projekte im finanzierbaren Rahmen durchgeführt werden. In den letzten Monaten zeigte sich die enorm breite Einsetzbarkeit der Technik in so unterschiedlichen Bereichen wie der Krebsforschung, der Erforschung infektiöser Krankheiten, der Wirkstoffentwicklung, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie, etc.
