Chaque matériau de substrat présente de nombreux avantages et inconvénients par rapport aux autres. Le GaAs est un matériau très résistant et durable qui est utile comme fenêtre de protection dans l’usinage de matériaux au laser où des particules de débris abrasives sont attendues. Le BaF2 a une large transmission qui s'étend de l'IR, à travers le spectre visible, jusqu'à l'ultraviolet profond (UV) sans qu'un traitement antireflets (AR) soit nécessaire. Le BaF2 peut également être utilisé dans des environnements dont la température peut atteindre 800°C. Le CdTe présente un large spectre de transmission plat de l'IR à l'IR à ondes longues (LWIR) et est utile pour les systèmes laser CO2 à faible puissance ou pour les applications de spectroscopie.
Les fenêtres KRS-5 présentent une transmission plate de l'IR à l'IR lointain et une résistance aux produits chimiques (sauf les acides forts), ce qui les rend utiles comme fenêtres de protection pour les applications sensibles aux acides et la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (FTIR). Avec une gamme de longueurs d'onde allant de l'UV profond à l'IR à ondes moyennes (MWIR), les fenêtres LiF sont excellentes pour les applications d'imagerie thermique ou de spectrométrie à rayons X. AMTIR-1 présente une excellente résistance aux acides, ne connaît pas d'emballement thermique et peut être utilisé à des températures allant jusqu'à 300 °C, ce qui en fait une fenêtre de protection idéale pour les systèmes d'imagerie infrarouge et infrarouge à vision frontale (FLIR) ou les systèmes laser IR.
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