Eigene Firmware wird mit Hilfe der mitgelieferten Programmierbibliothek und des GNU-Compilers für C und C++ erstellt und anschließend per CAN auf das Modul übertragen. Bei der Auslieferung ist der PCAN-Router FD mit einer Demo-Firmware versehen, deren Quellcode als Beispiel im Lieferumfang enthalten ist.
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